由于父辈之间是好友，个性开朗粗犷的少年树多村光（入野自由 配音）和月岛若叶（神田朱未 配音）成为了青梅竹马的好友，两人间有着以甲子园为舞台的美好约定。没想到，11岁时，若叶不幸落水身亡，在悲痛之中，光将两人的梦想默默的埋藏在了心底。作为若叶的妹妹，青叶（户松遥 配音）所感受到的悲伤是他人的数倍，可是，从小就热衷于棒球运动的她选择了咬紧牙关，以实际行动来祭奠姐姐的去世。　　转眼间，光升入了高中，为了完成和若叶的梦想，光加入了棒球队，没想到却被编入了毫无用武之地的“肥料组”。隔年，青叶也考入了同一所学校。在青叶的鼓励下，光和队友们开始了以甲子园为最终目标的严酷训练。只要不放弃棒球，我们就能够永远的在一起。只要我们能够聚在一起，那在角落里默默等待着的，代表着幸福的四片叶的三叶草，就绝对会有被发现的那一天流星花园